Die Geschichte von Baceno hat uralte Wurzeln: der Name der Hauptstadt des Antigorio-Tals taucht zum ersten Mal in einer Urkunde aus dem Jahr 918 auf, aber die Entdeckung eines Grabes aus dem 2. Jahrhundert n. Chr. im Jahr 1958 zeugt von seinen noch älteren Ursprüngen.
Dank seiner strategischen Lage am Zusammenfluss dreier Täler spielte Baceno im Mittelalter eine wichtige Rolle für die Täler des oberen Ossola, des Devero Antigorio und des Formazza.
Ab 1200 spielten die Familien De Rodis und De Baceno eine führende Rolle. Im Jahr 1381 kamen Baceno und das gesamte Ossola-Tal unter die Herrschaft der Familie Visconti, 1450 übernahm die Familie Sforza die Herrschaft, und 1595 wurde das Gebiet als Lehen an die Familie Borromeo vergeben. Im Jahr 1647 wurden Baceno und alle anderen angrenzenden Orte von der Belehnung ausgenommen.